但漱口水，絕對不可以取代牙刷、牙線、牙間刷等清潔方式，只能輔助牙周清潔，平常仍需要搭配正確刷牙習慣才能發揮輔助控制牙菌斑、牙齦炎效果。而根據台灣衛福部法規，市售常見漱口水分為一般保健型漱口水，適合日常使用，另一種是具有醫療效果，成藥等級的漱口水，最大的差別就是殺菌成分的濃度。
藥用的漱口水含高濃度殺菌劑，殺菌消毒能力較強，但長時間使用會引起口腔正常菌叢失調或牙齒染色、味覺失調等其它副作用，所以即使零售通路買得到，仍建議先請教牙醫師、藥師後再使用比較妥當。
一般保健型可能也含有藥效成分，只是濃度沒有到達藥物規範，但如無特殊狀況，盡量選擇一般保健型，不含酒精、成分單純的漱口水即可。不過漱口水的使用方式仍會因成份不同而有變化，挑選時要注意濃度之外，使用前仍須詳細閱讀標示說明，或遵守醫護人員指示下使用。
中國醫藥大學附設醫院齒顎矯正科主治醫師陳源厚也表示，過往最常以酒精為主要成分的漱口水，容易造成口腔黏膜刺激，或者過於強調近百分百的滅菌訴求，而可能破壞口腔原有的菌叢平衡，因此建議大家挑選使用不含酒精的漱口水，避免造成口腔黏膜刺激。
